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非试点自开票纳税人联运业务差额征收营业税。
《营业税暂行条例》第五条第一款规定，纳税人将承揽的运输业务分给其他单位或者个人的，以其取得的全部价款和价外费用扣除其支付给其他单位或者个人的运输费用后的余额为营业额。非试点自开票纳税人从事联运业务，不论其他联运合作方是试点增值税纳税人还是营业税纳税人、是试点一般纳税人还是小规模纳税人、是非试点自开票纳税人还是代开票纳税人，其支付给联运合作方的运输费用都可以扣除。
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条(四)规定，接受货物运输劳务的增值税纳税人购进或者销售货物以及在生产经营过程中支付运输费用的，按照运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算的进项税额可以抵扣。
假设A企业是非试点自开票纳税人，此联运业务应缴纳交通运输业营业税：
A企业应缴纳营业税(1110-555)×3%=16.65(万元)。
甲公司可抵扣的进项税1110×7%=77.70(万元)。
非试点代开票纳税人联运业务全额征收营业税
《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》(国税发[2004]88号)第七条规定，代开票纳税人从事联运业务的，其计征营业税的营业额为代开的货物运输业发票注明营业税应税收入，不得减除支付给其他联运合作方的各种费用。也就是非试点代开票纳税人联运业务全额征收营业税，不论其他联运合作方是什么类型的纳税人，不得减除支付给其他联运合作方的各种费用。
假设A企业是非试点代开票纳税人，此联运业务应缴纳交通运输业营业税：
A企业应缴纳营业税1110×3%=33.30(万元)。
甲公司可抵扣的进项税1110×7%= 77.70(万元)。
试点一般纳税人接受试点一般纳税人联运业务取得的增值税专用发票上注明的增值税额可抵扣。《试点实施办法》第二十二条(一)规定，从销售方或者提供方取得的增值税专用发票上注明的增值税额准予从销项税额中抵扣。
假设A企业、B企业都是试点一般纳税人，都开具了增值税专用发票，此联运业务应缴纳增值税：
A企业增值税销项税额：1110÷(1+11%)×11%=110(万元)。
A企业可抵扣进项税额：555÷(1+11%)×11%=55(万元)。
A企业应纳增值税：110-55=55(万元)。
甲公司可抵扣的进项税也就是A企业增值税销项税额110万元。
试点一般纳税人接受试点小规模纳税人联运业务按取得的增值税专用发票价税合计金额7%的扣除率计算进项税额。
《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点有关事项的规定》第一条(四)规定，试点纳税人接受试点纳税人中的小规模纳税人提供的交通运输业服务，按照取得的增值税专用发票上注明的价税合计金额和7%的扣除率计算进项税额。这是《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条(四)政策的延续。须要注意的是，已办理税务登记的小规模纳税人按《税务机关代开增值税专用发票管理办法(试行)》(国税发[2004]153号)规定到税务机关代开增值税专用发票，接受劳务方才能按上述规定计算进项税额，接受试点小规模纳税人交通运输业服务开具的普通发票不能抵扣进项税额。
假设A企业、B企业分别是试点一般纳税人和试点小规模纳税人，都开具了增值税专用发票。
A企业可抵扣进项税额：555×7%= 38.85(万元)。
A企业应纳增值税：110-38.85=71.15(万元)。
甲公司可抵扣的进项税110万元。
试点一般纳税人接受非试点营业税纳税人联运业务销售额差额计算
附件2：《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点有关事项的规定》第一条(三)1第一款规定，试点纳税人提供应税服务的销售额，按照国家有关营业税政策规定差额征收营业税的，允许其以取得的全部价款和价外费用扣除支付给非试点纳税人(指试点地区不按照《试点实施办法》缴纳增值税的纳税人和非试点地区的纳税人)价款后的余额为销售额。
假设A企业、B企业分别是试点一般纳税人和非试点营业税纳税人。
A企业销售额：(1110-555)÷(1+11%)=500(万元)。
A企业应交增值税：500×11%=55(万元)。
甲公司可抵扣的进项税应该是A企业开具的增值税专用发票所注明的销项税额1110÷(1+11%)×11%=110(万元)。
试点小规模纳税人从事联运业务增值税销售额差额计算
根据附件2：《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点有关事项的规定》第一条(三)1第二款规定，试点纳税人中的小规模纳税人提供交通运输业服务和国际货物运输代理服务，按照国家有关营业税政策规定差额征收营业税的，其支付给试点纳税人的价款，也允许从其取得的全部价款和价外费用中扣除;以及上述第一条(三)1第一款规定，试点小规模纳税人从事联运业务无论联运合作方的纳税人类型，都可以差额计算销售额。和营业税规定不同，根据国税发[2003]121号及相关文件规定，非试点货物运输业纳税人分为自开票纳税人和代开票纳税人;而代开票纳税人从事联运业务取得的收入不得减除支付给其他联运合作方的各种费用，而试点小规模纳税人从事联运业务，可以差额计算销售额并缴纳增值税。
假设A企业是小规模纳税人。
A企业销售额：(1110-555)÷(1+3%)=538.84(万元)。
A企业应交增值税：538.84×3%=16.17(万元)。
小规模纳税人提供应税服务，接受方索取增值税专用发票的，可以向主管税务机关申请代开。A企业可以为甲公司出具增值税专用发票。另外，试点纳税人接受试点纳税人中的小规模纳税人提供的交通运输业服务，按照取得的增值税专用发票上注明的价税合计金额和7%的扣除率计算进项税额。甲公司可抵扣的进项税应该是1110×7%=77.70(万元)。
以上分析可知，税改试点后，纳税人联运业务应区分联运合作各方不同的纳税人类型分别进行税务处理。
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