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一、明确适用企业所得税优惠的审核方式、申请程序及层级
本《公告》明确了企业申请享受西部大开发税收优惠时采取企业自行申请，主管税务机关审批确认的管理办法。同时明确了首次申请的企业第一年需经主管税务机关审核确认，第二年及以后年度企业适用优惠条件是否发生变化采取备案的方式加以管理。具体备案方法由西部地区国、地税局根据本省实际确定，并将备案方法报总局备案。
《公告》第二条还明确了符合鼓励类目录的企业在月度或季度预缴时，按照15%的税率申报，在年度汇算时，对其中部分企业其当年度主营业务收入达不到70%的，再按税法规定的适用税率重新计算申报。
二、明确适用企业所得税优惠的目录范围
鉴于财税[2011]58号文件中规定的《西部地区鼓励类产业目录》尚未颁布，《公告》第三条明确了在新目录出台前，企业可按《产业结构调整指导目录(2005年版)》、《产业结构调整指导目录(2011年版)》、《外商投资产业指导目录(2007年修订)》和《中西部地区优势产业目录(2008年修订)》范围15%税率缴纳，待《西部地区鼓励类产业目录》公布后，已按照15%税率进行企业所得税汇算清缴的企业，若不符合适用条件，需按照税法规定的适用税率重新计算申报。
三、明确了五大产业项目的“两免三减半”优惠的相关审核条件
财税[2011]58号文件规定了“交通、电力、水利、邮政、广播电视企业”可以继续享受企业所得税“两免三减半”优惠到期满为止。《公告》第四条对上述企业在2010底前因尚未取得收入或尚未进入获利年度而没有按照国税发[2002]47号文件第二条完成税务机关审核手续的，可按照本公告的规定，履行相关手续后享受原税收优惠。
四、明确了总分机构享受西部地区优惠的原则及具体计算方式
《公告》第六条明确仅对西部地区的分支机构所得单独适用15%优惠的原则，具体计算方式及分配比例则按照《国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》(国税函[2009]221号)和《国家税务总局关于印发跨地区经营汇总管理企业所得税征收管理暂行办法的通知》(国税发[2008]28号)文件规定执行。同时考虑到总机构汇总纳税的需要，规定了西部地区的分支机构在向其所在地的主管税务机关提出申请并经确认后，该分支机构主管税务机关应将确认情况函告总机构所在地主管税务机关，以保证总机构所在地税务机关及时掌握相关情况。
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